Téměř každý zákon obsahuje i výjimky, je tomu tak i u ekologické daně.
Zákonodárci pamatovali především na občany zvlášť tělesně postižené (ZTP)
a osoby u nichž dochází k přeregistraci v rámci majetkových vypořádání.
U vozidel se osvobození od ekologické daně týká veteránů, zde však existují
určitá omezení která jsou popsána níže.
Výjimky lze rozdělit do dvou hlavních skupin, osoby a vozidla.
Osoby:
1) Od poplatku jsou osvobozeni držitelé průkazů ZTP a ZTP/P
Protože se poplatek hradí pouze jednou pro každé motorové vozidlo, je vozidlo které bylo zaregistrováno po nabytí účinnosti zákona (1.ledna 2009) držitelem ZTP nebo ZTP/P průkazu osvobozeno od ekologické daně (od 1.10.2013 je osvobození platné pouze pro osobu ZTP)
Příklad : Osoba s průkazem ZTP zaregistrovala na svou osobu vůz v době účinnosti zákona (1.ledna 2009 – dosud).
Při koupi tohoto vozidla již žádný další žadatel o registraci ekologickou daň neplatí. (od 1.10.2013 už další osoba osvobozena není)
2) Poplatek nehradí žadatel o registraci v rámci majetkového vypořádí
Jedná se o žadatele, u nichž k přeregistraci dochází v důsledku nabytí a vypořádání dědictví nebo v důsledku zániku společného jmění manželů.
Vozidla:
1) Výjimky ze skupin motorových vozidel
Ekologický poplatek se hradí pouze u skupin M1 a N1 pokud nepřekračují celkovou hmotnost 3,5 tuny
2) Veteráni
Jedná se o vozidla, která nejsou vedena v registru motorových vozidel ale jsou vedena v registru historických vozidel.
Na veterány které byly před účinností zákona registrovány v registru motorových vozidel se ekologická daň vztahuje, není totiž možné vozidlo převést z jednoho registru do druhého.
Aby bylo vozidlo zaregistrováno v registru historických vozidel, musí být nejprve vyřazeno z registru motorových vozidel.
Tento krok však nelze technicky učinit jelikož pro vyřazení z registru je požadován doklad o ekologické likvidaci vozidla.
